Vampire Knight ambientato principalmente nella Cross Academy, una prestigiosa scuola privata con una quanto meno insolita struttura delle classi. Gli studenti sono infatti divisi fra: la Day Class, che composta da normali studenti e svolgono le loro lezioni di giorno, e la Night Class, che un'lite di geni bellissimi, che in verit sono vampiri. Solo tre persone della Day Class sono a conoscenza di questa seconda faccia della Night Class: il preside e i due "Guardian", Yuki Kurosu (Cross), la protagonista, e Zero Kiriy. Il compito di Yuki e Zero di assicurare una convivenza pacifica fra le due classi.