La serie si svolge nel 2196,un periodo in cui la Terra in guerra contro un popolo di alieni invasori chiamati Jovian Lizards . Per combatterli, una compagnia chiamata Nergal ha creato una potentissima nave da combattimento, la ND-001 Nadesico. Il principale problema con la Nadesico il suo equipaggio. Anche se essa composta dai migliori esperti in ogni campo, questi individui tendono a comportarsi spesso in maniera piuttosto sconclusionata.